中国科学院分子植物科学卓越创新中心（简称“分子植物卓越中心”，下同）是中国科学院直属的独立事业法人科研机构，其前身是中国科学院上海植物生理生态研究所。1999年，原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所整合成立中国科学院上海植物生理生态研究所。2016年，植物生理生态研究所依托分子植物卓越中心，设立中国科学院直属科研机构。2019年，分子植物卓越中心获批独立事业法人资格。

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　　分子植物卓越中心按照党中央、院党组的决策部署，对标对表习近平总书记对中国科学院提出的“四个率先”和“两加快一努力”目标要求，聚焦主责主业，狠抓工作落实，强化使命驱动的建制化基础研究。“十四五”期间，分子植物卓越中心将面向植物科学国际前沿，围绕农业可持续发展和生态环境安全的重大战略需求，开展前瞻性、战略性基础和应用基础研究。发挥植物、昆虫和合成生物学“三位一体”多学科优势，在植物遗传、代谢、发育、生理及其与环境互作等前沿领域开展系统研究；力争在作物杂种优势、作物碳氮高效、高碳汇植物创制、植物干细胞与再生、植物逆境应答和免疫机制等方面取得重大理论突破和技术革新，为保障国家粮食安全与生态安全提供理论基础和技术储备，强化创新源头供给。明确了以“植物碳氮高效”、“作物复杂性状调控的理论基础”和“植物与环境互作”作为主攻方向，“先进合成生物学”、“植物多维组学”和“数字植物与定量生物学”为新兴前沿方向和未来技术的整体布局。分子植物卓越中心将以强化国家战略科技力量为导向，优化及提升在人才队伍、平台支撑、资源配置、体制机制等方面的布局，汇聚一流的创新资源，以期建设成为分子植物前沿科学研究杰出的人才高地、重大成果发源地和国际一流的现代植物科学研究中心。

　　截至2022年底，分子植物卓越中心共有在职职工383人。其中科技人员243人、科技支撑人员61人，包括中国科学院院士7人、发展中国家科学院院士4人、研究员及正高级工程技术人员87人、副研究员及高级工程技术人员80人；全所进入创新岗位304人。分子植物卓越中心是国务院学位评定委员会首批批准的硕士、博士学位授予点，设有生物学一级学科博士研究生培养点，并设有生物学一级学科博士后流动站，共有在学研究生641人（其中硕士生231人、博士生410人），在站博士后95人。

　　分子植物卓越中心2022年共发表SCI研究论文350余篇。聚焦作物高产稳产的育种目标，成功挖掘出由两个新基因TT3.1和TT3.2组成的抗热遗传模块TT3，并揭示其协同调控水稻抗热性的分子机制，为提高作物抗热性以应对气候变暖引发的粮食安全问题提供珍贵基因资源（Science），成果入选2022年度中国生命科学十大进展。围绕创制高蛋白玉米的战略需求，首次从野生玉米中克隆控制高蛋白含量主效基因Thp9，有效提高玉米蛋白含量，为培育高蛋白玉米和高品质青储玉米提供重要基因资源和育种材料(Nature)。在植物-昆虫-微生物互作研究领域，合作揭示植物如何巧妙组装其特异性代谢产物应对农业重大害虫小叶蝉的非寄主抗性机制（Science，封面文章）。全年新增专利申请41件、其中PCT 5件、国外专利8件；新增授权专利39件，其中国外专利2件，软件登记2件。分子植物卓越中心积极响应乡村振兴和国家双碳策略中充分利用边际土地的政策，完成1000余份藜麦的杂交组合，培育了一系列有自主知识产权的品种以及高代品系，实现藜麦在高寒、干旱和盐碱地推广面积已经达10万余亩，并初步建立了实验室-地方政府-企业三位一体的推广模式，同时也为后续放大推广和其他高碳汇植物的应用提供了样板。

　　2022年，《分子植物》(Molecular Plant) 影响因子上升到21.949、排名跃居植物科学研究类期刊全球第一，荣获中国最具国际影响力学术期刊、华东地区优秀期刊等称号。《分子植物》姊妹刊《植物通讯》（Plant Communications）获得首个影响因子8.625、排名居植物科学研究类期刊第七。《植物生理学报》继续位居植物学类核心期刊前列。

　　分子植物卓越中心是中国植物生理与植物分子生物学学会、上海市植物生理与植物分子生物学学会、上海市昆虫学会、上海市生物工程学会的挂靠单位。