中国科学院分子植物科学卓越创新中心（简称“分子植物卓越中心”，下同）是中国科学院直属的独立事业法人科研机构，其前身是中国科学院上海植物生理生态研究所。1999年，原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所整合成立中国科学院上海植物生理生态研究所。2016年，植物生理生态研究所依托分子植物卓越中心，设立中国科学院直属科研机构。2019年，分子植物卓越中心获批独立事业法人资格。

枫林园区

漕宝路园区

辰山园区

分子植物卓越中心以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻落实习近平总书记提出的“四个率先”和“两加快一努力”重要指示要求，强化使命驱动的建制化基础研究，以抢占科技制高点为核心任务，锚定科技强国建设目标，加强顶层设计和统筹谋划，面向植物科学国际前沿，围绕农业可持续发展和生态环境安全的重大战略需求，开展前瞻性、战略性基础和应用基础研究。发挥植物、昆虫和合成生物学“三位一体”多学科优势，在植物遗传、代谢、发育、生理及其与环境互作等前沿领域开展系统研究；力争在作物杂种优势、作物碳氮高效、高碳汇植物创制、植物干细胞与再生、植物逆境应答和免疫机制等方面取得重大理论突破和技术革新，为保障国家粮食安全与生态安全提供理论基础和技术储备，强化创新源头供给。明确了以“植物碳氮高效”“作物复杂性状调控的理论基础”和“植物与环境互作”作为主攻方向，“先进合成生物学”“植物多维组学”和“数字植物与定量生物学”为新兴前沿方向和未来技术的整体布局。分子植物卓越中心将以强化国家战略科技力量为导向，优化及提升在人才队伍、平台支撑、资源配置、体制机制等方面的布局，汇聚一流的创新资源，以期建成分子植物前沿科学研究杰出的人才高地、重大成果发源地和国际一流的现代植物科学研究中心。

截至2024年底，分子植物卓越中心共有在职职工415人。其中科技人员276人、科技支撑人员86人，包括中国科学院院士7人、发展中国家科学院院士5人、研究员及正高级工程技术人员80人、副研究员及高级工程技术人员76人。分子植物卓越中心是国务院学位评定委员会首批批准的硕士、博士学位授予点，设有生物学一级学科博士研究生培养点，并设有生物学一级学科博士后流动站，共有在学研究生641人（其中硕士生238人、博士生403人），在站博士后132人。。

　　2024年发表SCI研究论文300余篇，以第一及通讯作者发表CNS正刊文章6篇。面向植物科学国际前沿，紧扣农业可持续发展和生态环境安全的重大战略需求，首次解析了叶绿体基因转录机器构造，为光合作用系统基因表达水平的提高提供了新思路（Cell，封面）；在国际上首次实现了十字花科植物多年生与一年生的自由转换，为未来精准设计、定向培育适应特定气候地理环境的多年生油菜作物品种、高碳汇植物原型奠定了理论基础（Cell）；首次系统描述了不同养分条件下大豆全生命周期的定量微生物组特征，揭示了微生物群落如何支撑大豆“增产增效”的机制（Nature Communications）；首次克隆到了将马齿玉米改良成硬粒型籽粒的关键基因Fka1（Nature Communications）；揭示了一对重复隐性基因控制亚非稻种间生殖隔离的分子遗传机制（Nature Communications）；揭示了由OsCIE1介导的泛素蛋白“制动器”调控OsCERK1共生产量/免疫平衡的机制（Nature）；阐明了一个在单双子叶植物中保守的免疫触发和信号通路，为作物多病害抗病育种提供了新的抗病靶标基因（Science）；发现植物来源的2’cADPR具有相对较好的安全性，适合开发作为激发农作物广谱抗病性的新型“生物农药”（Science）。分子植物卓越中心以重大项目为抓手，新增主持科技部国家重点研发计划5项，新增主持中国科学院B类先导科技专项1项，在作物基因组辅助育种设计、植物抗病改良、高蛋白玉米创制、植物耐逆机理解析、合成生物学与先进技术等方面取得了一系列重大突破，“空间微重力对植物从种子到种子生长发育作用机理研究”项目获上海市科技进步奖二等奖。本年度新增专利申请128件，新增授权专利31件。申报了一批高价值专利如一种将马齿籽粒转变成硬粒籽粒的基因PIN1、一个调控水稻耐热性的新基因SCE1及其应用、一种能诱导植物免疫反应并提高植物抗病能力的小分子化合物等。参与院存量专利盘点工作，盘点存量专利256项。与上海技术交易所建立长期合作，实施专利开放许可，多渠道开展科技成果推广与转化工作。

　　2024年，《分子植物》(Molecular Plant)影响因子上升到 24.1，连续四年排名植物科学领域研究类期刊全球第一，荣获中国出版政府奖期刊奖提名、中国最具国际影响力学术期刊、中国科学院优秀期刊和华东地区优秀期刊等称号，举办五届分子植物科学国际会议、四届“植物科学新星”全球遴选、五届MPlant前沿论坛和多届MPlant在线研讨会和讲座等活动。《分子植物》姊妹刊《植物通讯》(Plant Communications)影响因子达11.6，在植物科学领域研究类期刊中排名全球并列第三，举办了四届《植物通讯》青年科学家论坛。《植物生理学报》继续位居植物学类核心期刊前列。

　　分子植物卓越中心是中国植物生理与植物分子生物学学会、上海市植物生理与植物分子生物学学会、上海市昆虫学会、上海市生物工程学会的挂靠单位。